Eclipse.appを使用してeclipseを起動した場合、eclipse.iniの内容が読み込まれない場合があります。
この原因として考えられるのは可能性は、「Eclipse.app/Contents/Info.plist」に対して、vmargsが指定されていることです。
これは、Info.plistにvmargsが指定されている場合は、eclipse.iniの内容は全て無視されてしまうからです。
※Windowsでも、eclipse起動時の引数にvmargsを指定した場合eclipse.iniの内容が無視されます。