IntelliJ IDEA 13(ビルドNo：130.1486)でファイル内から検索ってしたら微妙にオプションが増えてた。コメントないや文字列リテラル内のみを対象に検索（置き換えもオプションは一緒）出来るみたい。今のとこ、このオプションが必要になるようなシーンはなか…