IntelliJ IDEA13(build130.962で確認)で、内蔵サーバを使ったJavaScriptのデバッグか可能となったので、その手順を簡単にメモってみます。
デバッグ対象のJavaScriptを読み込むHTMLを作成する
JavaScriptをデバッグするためには、htmlが必要となるのでJavaScriptをデバッグするために必要な構造をもったhtmlファイルを作成します。
htmlファイルをブラウザで開く
対象のファイルのコンテキストメニュー(右クリック)からDebugを選択します。Debugの後には、ファイル名が書かれていると思います。
ChromeにJavaScriptをデバッグするための拡張機能をインストールする
以下のようなエラーが出た場合には、Chromeに拡張機能がインストールされていないので、エラーポップアップのリンクをクリックして、拡張機能を追加します。